تأسس برنامج العلوم التربوية والدينية (المسيحية) كأحد فروع كلية كمبوني للعلوم والتكنلوجيا في العام 2009م ككلية متخصصة فى اعداد معلمى التربية المسيحية ، إلا أن البداية الحقيقية كانت منذ العام 1994 تحت اسم الكلية الكاثوليكية لتأهيل المعلمين وهي امتداد طبيعي لمؤسسة كمبوني التعليمية التي لها خبرة أكثر من ثمانين عاماً في مجال التعليم.

أدخلت وزارة التعليم العام ووزارة التعليم العالى والبحث العلمي منهج التربية الدينية (الإسلامية والمسيحية) من المواد الدراسية الأساسية سواء في المدارس أو الجامعات. لذلك رأت كلية كمبوني إضافة وحدة تقوم بإعداد معلمين لتدريس مادة التربية المسيحية لهم المقدرة والكفاءة الأكاديمية والتربوية اللازمة لتدريس هذه المادة وفقاً للمناهج الرسمية المقررة. و تتمثل أهداف البرنامج في:

-     إعداد معلمين سودانيين أكفاء لتدريس مادة التربية المسيحية بالإضافة إلى اللغة الإنجليزية أو الحاسوب والحصول على شهادة معتمدة من وزارة التعليم العالي.

-     خلق كادر أكاديمي ملم بالعلوم الدينية والتربوية، قادراً على تنشيط الحوار بين الأديان ودفع ثقافة السلام والتعايش السلمي بين المسيحيين والمسلمين بالسودان.

-     إقامة صلات وعلاقات مع الجهات والكنائس الأخرى. تمكين الدارسين على أهمية التربية الدينية في حياتهم الدراسية وما بعدها.-    

-     تمكين الدارسين على أهمية التربية الدينية في حياتهم الدراسية وما بعدها.

-     تعريف الدارسين بالعلوم  التربوية والدينية وقدرتها على المساهمة في النهضة العلمية المعاصرة.

-     القيام بالبحوث في المجالات الدينية والتربوية المختلفة.